Lisansüstü programı, alanında uzman bilgisayar bilimcilerinin, özel sektörde ve yüksek öğretim kurumlarındaki bilgisayar mühendislerinin ihtiyaçlarına cevap verecek nitelikte tasarlanmıştır. Ayrıca, bu program farklı akademik disiplinlerde çalışan nitelikli öğrencilere, Bilgisayar Mühendisliği ve Yazılım Mühendisliği alanında ileri seviyede eğitim alma fırsatı da sunmaktadır.

Yüksek lisans öğrencileri, Mimari, Algoritmalar ve Veri Yapıları, Yapay Zeka, Veritabanı, Bilgisayar Ağları ve Dağıtık Sistemler, Bilgisayar Grafikleri, Örüntü Tanıma ve Görüntü Analizi, Sayısal Hesaplama, İşletim Sistemleri, Paralel Hesaplama, Programlama Dilleri, Yazılım Mühendisliği, Doğal Dil İşleme, Modelleme ve Simülasyon, Biyoinformatik ve Nöral Hesaplama alanlarında uzmanlaşabilmektedirler.

Üniversite gereklerini yerine getiren lisansüstü öğrencilerine Bilgisayar Mühendisliği dalında Yüksek Lisans (MS) veya Doktora (Ph.D.) derecesi verilir. Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde üç tip Yüksek Lisans (MS) programı bulunmaktadır: Bilgisayar Mühendisliği alanında Yüksek Lisans, Bilgisayar Mühendisliği alanında Tezsiz Yüksek Lisans ve Yazılım Mühendisliği alanında Tezsiz Yüksek Lisans. Son iki program, tez çalışması yapmak istemeyen ancak eğitim ve mesleki hedeflerini daha da ileri taşımak isteyenler için tasarlanmıştır. Bu programlardaki Lisansüstü Öğrencilerinin Bilgisayar ve Yazılım Mühendisliği konusunda yeterli bilgi birikimine sahip olduklarını genişletilmiş ders ve ödev gerekliliklerini yerine getirerek göstermeleri beklenir.

Yüksek Lisans ve Doktora programlarının içerikleri Lisansüstü Öğretim Programında belirtilmiştir. Doktora programı, derslere ve teze ek olarak yazılı ve sözlü olmak üzere iki kısımdan oluşan bir yeterlilik sınavı içerir.

Lisansüstü programlara başvuru için Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından yapılan duyurular ve başvuru prosedürleri takip edilmelidir.